Jest adiunktem w Katedrze Fizjologii Zwierząt i Ekotoksykologii, gdzie od lat prowadzi zajęcia ze studentami z zakresu fizjologii człowieka i zwierząt oraz efektów oddziaływania stresu środowiskowego na behawior i reprodukcję owadów. Jest certyfikowanym tutorem akademickim i entuzjastką nauczania spersonalizowanego. W czasie 25 lat pracy podejmowała różne inicjatywy związane z kształceniem na wszystkich etapach edukacji. W jej dorobku dydaktycznym odnaleźć można takie aktywności jak:

• Współautor programów, podręczników szkolnych oraz materiałów pomocniczych dla uczniów szkół podstawowych i liceów oraz materiałów dydaktycznych dla nauczycieli;
• Instruktor w Międzynarodowym Miasteczku Edukacji Ekologicznej;
• Wykładowca w Górnośląskiej Wyższej Szkole Pedagogicznej w Mysłowicach oraz współautor wykładów dla nauczycieli;
• Członek Komisji do spraw programu studiów dla Kierunku Biologia;
• Wydziałowy Koordynator programu Erasmus;
• Opiekun/tutor dla studentów z zagranicy oraz opiekun/promotor 19 prac licencjackich, 50 prac magisterskich i 4 słuchaczek studiów doktoranckich.

W roku 2016 dr hab. M. Augustyniak objęła funkcję Koordynatora Projektu NEW współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej. Celem projektu jest doskonalenie kompetencji zawodowych studentów. Od roku akademickiego 2016/2017 pełni funkcję Prodziekana ds. Kształcenia i Studentów na Wydziale Biologii i Ochrony Środowiska UŚ.